公司的组织机构除了常规的“三会一层”，还有三个特殊的组织：党组织、工会和职工（代表）大会。这三个组织的主要功能并非公司治理，但却在公司治理中发挥着重要的影响，下面逐一解说。
首先，是党组织。《公司法》第19条规定“在公司中，根据中国共产党章程的规定，设立中国共产党的组织，开展党的活动。公司应当为党组织的活动提供必要条件。”在《公司法修订草案三审稿》中，本条内容完整保留（变为第18条），并增加了第170条“国家出资公司中中国共产党的组织，按照中国共产党章程的规定发挥领导作用，研究讨论公司重大经营管理事项，支持公司的组织机构依法行使职权。”
从此规定来看，党组织在民企和国企中具有完全不同的地位和作用。在民企中，党组织正常开展活动，但并不“发挥领导作用，研究讨论公司重大经营管理事项”，而在国企中，党组织居于领导地位，地位与功能大相径庭。
《中国共产党国有企业基层组织工作条例（试行）》第13条规定“国有企业应当将党建工作要求写入公司章程，写明党组织的职责权限、机构设置、运行机制、基础保障等重要事项，明确党组织研究讨论是董事会、经理层决策重大问题的前置程序，落实党组织在公司治理结构中的法定地位。”第15条进一步规定“国有企业重大经营管理事项必须经党委（党组）研究讨论后，再由董事会或者经理层作出决定。国有企业党委（党组）应当结合企业实际制定研究讨论的事项清单，厘清党委（党组）和董事会、监事会、经理层等其他治理主体的权责……具有人财物重大事项决策权且不设党委的独立法人企业的党支部（党总支），一般由党员负责人担任书记和委员，由党支部（党总支）对企业重大事项进行集体研究把关。”
其中“重大经营管理事项必须经党委（党组）研究讨论后，再由董事会或者经理层作出决定”，就比较有意思。“党委（党组）研究讨论”必然要作出决议。这个决议其实就是决定，因此，董事会或者经理层“作出决定”也就是作出“落实决定的决定”了。
国企中党组织和三会一层关系的处理，历来是一个难点。经过多年探索，虽然形成了比较固定的模式，但国有控股上市公司中，依然会出现权责不对等的情况。众所周知，所有企业上市的相关规范，都不会涉及到党组织，责任主体要么是董事会，要么是法人代表，要么是高管，要么是控股股东、实际控制人。如果是全资，自然无事，但上市公司必然会有非国有股东，也完全可能出现小股东代表的董事、高管，这其中股东会、董事会、经理层与党组织的关系，就有可能出现张力。
接下来，谈一谈工会。《公司法修订草案三审稿》第17条规定“公司职工依照《中华人民共和国工会法》组织工会，开展工会活动，维护职工合法权益。公司应当为本公司工会提供必要的活动条件”“公司研究决定改制以及经营方面的重大问题、制定重要的规章制度时，应当听取公司工会的意见”。工会在公司中的地位，类似于监事（会）。虽然职权大不相同，但工会和监事（会）平时都没什么存在感的。在国企中，工会和监事（会）存在感相对强一些，但总体上是居于比较边缘位置的。工会的作用在《劳动合同法》中倒有一席之地，这放在下文一起讨论。
最后要谈的是职工（代表）大会。在《公司法修订草案三审稿》多次出现职工（代表）大会。例如第17条规定“公司依照宪法和有关法律的规定，建立健全以职工代表大会为基本形式的民主管理制度，通过职工代表大会或者其他形式，实行民主管理。”第68条规定“职工人数三百人以上的有限责任公司……其董事会成员中应当有公司职工代表。董事会中的职工代表由公司职工通过职工代表大会、职工大会或者其他形式民主选举产生。”第76条还规定“监事会中的职工代表由公司职工通过职工代表大会、职工大会或者其他形式民主选举产生。”其后第130、第173条也有类似规定。《劳动合同法》同时规定“用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”
由此可见，职工（代表）大会在公司治理中还是可以大有作为的。但是很多公司根本就没有成立职工（代表）大会，职工董事、职工监事也是老板指定代替了“选举产生”。
职工（代表）大会没有一部统一的法规予以规范，以至于出现了“百花齐放”的局面。就拿职工代表大会组成人数来说，《湖南省职工代表大会条例》第20条规定“五十人以上不足一百人且建立职工代表大会制度的企业、事业单位，职工代表人数应当不少于二十人；一百人以上不足二百人的，职工代表人数应当不少于三十人；二百人以上不足一千人的，职工代表按职工人数的百分之十至百分之二十确定，但不少于四十人；一千人以上的，职工代表人数按职工人数的百分之五至百分之十确定，但不超过五百人。”《上海市职工代表大会条例》第20条则规定“（一）职工人数在一百人至三千人的，职工代表名额以三十名为基数，职工人数每增加一百人，职工代表名额增加不得少于五名；（二）职工人数在三千人以上的，职工代表名额不得少于一百七十五名；（三）职工人数不足一百人，实行职工代表大会制度的，职工代表名额不得少于三十名。”云南省的规定是“职工人数 100人以上不足300人的，职工代表人数不少于30人；300人以上不足1000人的，职工代表人数不少于50人；1000人以上不足 5000人的，职工代表人数不少于70人；5000人以上不足 1 万人的，职工代表人数不少于100人；1万人以上的，职工代表人数不少于120 人。”当然，还有四川省的规定，山东省的规定，以及《全民所有制工业企业职工代表大会条例》等等，不一而足。可见，公司要成立职工代表大会，需根据所在地方的规定来。其实，就职工代表大会的地位和作用来说，走过场不可行；制定一部全国性的统一法规，亦实有必要。